在WTO農業多邊協議框架下，農業補貼具有兩層含義：一種是廣義補貼，即政府對農業部門的所有投資或支持，其中較大部分如對科技、水利、環保等方面投資，由于不會對產出結構和農產品市場發生直接顯著的扭曲性作用，一般被稱為“綠箱”政策。 “綠箱”政策措施主要包括：①一般農業服務，如農業科研、病蟲害控制、培訓、推廣和咨詢服務、檢驗服務、農產品市場促銷服務、農業基礎設施建設等；②糧食安全儲備補貼；③糧食援助補貼；④與生產不掛鉤的收入補貼；⑤收入保險計劃；⑥自然災害救濟補貼；⑦農業生產者退休或轉業補貼；⑧農業資源儲備補貼；⑨農業結構調整投資補貼；⑩農業環境保護補貼；地區援助補貼。
如對糧食等農產品提供的價格、出口或其他形式補貼，這類補貼又稱為保護性補貼，通常會對產出結構和農產品市場造成直接明顯的扭曲性影響，一般被稱為“黃箱”政策。主要包括政府對農產品的直接價格干預和補貼，種子、肥料、灌溉等農業投入品補貼、農產品營銷貸款補貼、休耕補貼等。WTO《農業協定》的“黃箱”政策中規定給予發展中國家特殊差別待遇，對發展中國家為促進農業和農村發展所采取的下述支持和補貼措施可免予削減承諾，簡稱“發展箱”。主要包括：①農業投資補貼；②對低收入或資源貧乏地區生產者提供的農業投入品補貼；③為鼓勵生產者不生產違禁麻醉作物而提供的支持.
中國入世前農業補貼政策的演化是由政府主導的強制性制度變遷，政府壟斷性供給農業補貼制度，農民的財產所有權和獨立人格沒有完全確立，政府與農民在補貼及其他福利上的博弈是一次性的，農民處于劣勢，也就注定其政策效率的低下。隨著經濟全球化和中國入世，以及農民社會地位和財產權的穩定，政府與農民將在農業補貼上構成一種多次重復博弈機制，形成一個新的農業補貼政策框架，雙方在這個規則下獲取各自的行動信息，并決定其合作態度，當特定環境發生改變時，雙方可以成功地采取策略加以應對，及時獲得競爭優勢。因此，有效的農業補貼政策將是政府與農民（或相關企業）共同選擇的結果。
