在我國水產養殖業進入快速發展、集約化養殖不斷擴大、產量大幅度提高的同時也帶來負面影響——養殖水體嚴重污染。養殖水體污染是由人類的養殖活動，養殖對象自身分泌、排泄，餌料過剩等因素造成，水質因子平衡失調，促使病原菌大量滋生，引起多種水產疾病頻發：
　　1.水體富營養化引起有利藻類生長被毒害藻類生長所替代，改變了藻類種群，水體毒性增強，水體溶氧劇烈波動及魚類疾病的并發。
　　2.重金屬的富集、吸附作用影響水生生物的生長，如水體受重金屬（汞、鉛、鎘等）及其他有毒物質（如氯化物、砷化物、亞硝酸鹽等）污染，易引起各種中毒和疾病。
　　3.環境遭到破壞，水化因子改變，水體惡化，影響魚類生長和魚產品質量等。
　　養殖水體污染類型及來源
　　養殖水體自身污染：營養調控不當造成水體污染，由于投喂飼料的單一性，飼料中營養元素成分不齊全，餌料系數偏高，攝食量下降導致殘餌過多，影響魚類生長，易造成傳染性疾病和營養性疾病。隨著養殖密度的增加、投餌量增大、水體負載超過飽和程度；養殖生產中餌料過剩，產生大量氮、磷等營養元素，水體富營養化，有害藻類暴發性生長；水體溶氧日差大，易缺氧；此外，營養物質的不平衡，養殖種類氨、氮排泄物過多，磷的有效吸收較低等都是營養不當帶來的污染。
　　藥物的濫用：養殖規模和面積不斷擴大，病害流行日趨嚴重。目前，水產疾病防治技術的滯后及養殖戶用藥知識匱乏，導致大部分養殖戶不能對癥下藥，不能仔細分析病因，濫用價格低廉、殘留嚴重的各種抗生素、化工原料等。這樣不但對治療魚病無效，反而帶來嚴重的污染及毒害作用，使細菌、病毒等產生耐藥性而大量繁殖，疫病蔓延，影響水產品品質。有些藥物雖然對治愈病害起到一定作用，但造成水體嚴重污染，且很大程度上破壞水體環境及水產養殖品種體內微生態平衡，使養殖對象失去一些正常生理屏障及生物拮抗作用，病原菌易于繁殖，魚產品質量不能達到健康養殖標準。
　　外源性污染：工農業生產污水和居民生活廢水、廢物常常未經處理就直接排入江河、湖泊、海洋等，成為污染漁業水域生態環境的主要原因之一。生活污水中鐵、錳、氫氧化物懸浮物所引起的渾濁，雖不產生直接危害，卻能降低水體透明度，減少太陽輻射，限制了魚類正常活動和攝食；生活污水中有機物大量富集出現，水體富營養化而導致魚類缺氧浮頭。
　　工業廢水對漁類污染具有毀滅性危害，造紙廠的硫化物可致死魚類；農藥廠的產品和原料毒害作用比較大；熱電廠的廢水是熱污染主要來源，引起水溫聚升，使魚種群改變或死亡；電鍍等行業中產生含氰化物廢水，合成洗滌劑的廢水等都具有嚴重的危害性。
　　有毒物質的污染：水體中各種有毒物質，如飼料污染中的硫化氫、氨氮等有害物質，工業污染中的氰化物、鉻、銅、洗滌劑等有毒物質進入水體后都會不同程度影響水生生物。濃度過高，會迅速直接殺死水生生物，濃度低，先富集于生物體內，進而轉化產生危害。
　　病原微生物污染：由于養殖過程中的不合理養殖管理模式，如長期不清淤、大量投喂鮮餌、放養密度過大、養殖容量超載等，導致底質中有機物含量過高，病原微生物大量繁殖引起污染。如，在寄生蟲性病害中，以有機質細菌為主食的孢子類、鞭毛類等原生動物大量繁殖；在病毒性病害中，南美白對蝦、日本對蝦等養殖中流行以白斑綜合征為主的對蝦病毒；在細菌性病中，弧菌、假單胞菌等給水產養殖動物帶來直接或間接危害；病原微生物直接致病，與治病過程中帶來的藥物污染一起破壞水體，危害魚類。
　　養殖水體污染預防控制措施
　　養殖水體自身的調控：自身調控可以通過合理確定養殖規模和養殖方式來防止養殖過量造成養殖水體的自身污染，綜合考慮營養水平、藥物污染、底質淤泥狀況等因素來進行預防控制。
　　首先，對養殖水體污染狀況、水體自凈能力、各種有毒有害物質安全濃度、最大允許濃度及生活和工業廢水排放標準等做全面研究與評價。
　　其次，通過營養調控降低養殖水體污染，緩解水體富營養化，減少富營養化帶來的藻類繁殖、藻類種群變化及水體環境因子改變；提高水產動物對營養物質利用率，在飼料中充分完善營養成分，添加誘食劑，提高飼料的適口性增加魚類攝食量；增加飼料耐水性，減緩其溶于水的速度，以防餌料既未被魚類攝食又污染水質；注意適時投料和科學混養。
　　再次，防治水產生物病害的藥物污染，科學使用水產藥物，綜合分析魚體狀況，水質情況，藥物作用，得出正確治療方案、用藥方法。
　　最后，在底質淤泥進行清理及消毒時，針對底泥物理性狀，污染程度不同進行消毒，以期改善底泥理化指標，再恢復底棲生物群落。
　　生物修復：生物修復是一種通過微生物、植物等多種動植物對水體中污染物進行降解，改善水域環境，維持水域生態平衡新的改善養殖水體方法。微生物制劑是水產養殖中廣泛應用的一種生物修復方法，一是拌餌投喂，以改善魚蝦腸道微生物菌群、提高魚蝦消化率、增強魚蝦免疫力的飼料微生物添加劑，目前應用較多的菌類有乳酸菌、芽孢桿菌、酵母菌等；另一方面是改善水質的水體微生物調控劑，主要有光合細菌、芽孢菌、硝化細菌等。微生物制劑具有改良水質、增加養殖水體的溶解氧、降低養殖水體的氨態氮含量、抑制致病菌生長、改善動物體內水環境的生態平衡、提高動物抗病與免疫力、促進養殖對象生長等功能，是今后治理養殖污染水體有待發展的生物方法。
　　另外，還可以通過養殖一些對凈化水質有益的魚類或種植一些大型水生生物，達到凈化水質的目的。養殖水體中合理放養鰱鳙魚能優化浮游生物群體的結構，有效遏制“水華”的產生，大型水生植物可以直接從水層和底泥中吸收氮、磷，并同化為自身的結構組成物質（蛋白質和核酸等）能促進其生長；一些植物，如鳳眼蓮、浮萍、蘆葦等廣泛應用于氧化塘和人工濕地中。